早于在兼任弗吉尼亚殖民地下议院议员时，他所递交的第一份议案就是有关当时极具争议的奴隶制的。杰斐逊从“天赋人权”角度抵达，指出所有的人都不应享有权利的权利，虽然弗吉尼亚的经济必须依靠奴隶的劳动才能发展，要完全废止奴隶制不过于现实，但最少可以增加奴隶的数量，通过获释部分奴隶、给与他们受限的权利、将他们带回非洲大陆并在那里协助他们创建一个新的国家等方式，超过渐渐增加进而和平所有奴隶的目的。在奴隶制问题上，杰斐逊仍然主张长年较慢地和平黑奴，他之所以主张较慢解决问题，是因为他指出：“大自然、习惯和看法在他们之间（指黑人与白人之间）画下了一条不可逾越的鸿沟。
……过程应当较慢，以便使这个罪恶不知不觉地消失，……假如忽略地用强力手段实行的话，人性不会对于经常出现的前景深感惊讶的。”即他担忧采行白热化的方式立刻和平黑奴不会引发社会的动荡不安。当然，他的这一议案在下议院遭了完全一致的抨击，他本人也被别人称作“国家公敌”。《独立宣言》公开发表后旋即，杰斐逊就退出了其在大陆会议的代表资格，返回了弗吉尼亚。
他的这一要求，一方面是出于对家庭的考虑到，但更加主要的还是他指出，新的创建的各州才是美国社会的确实组成部分，参与弗吉尼亚新政府的工作要比在大陆会议最重要得多。在州议会中，杰斐逊对法律明确提出了一系列有建设性的建议，诸如不断扩大选举权和减少民选代表，修正遗产承继制度，制订更为合理和人道的刑事司法法规，推展州教育等。
由于思想的超前性，他的上述议案中有很多都被议会驳回了。在这世纪末，杰斐逊最不具成就感的一项工作就是他为弗吉尼亚草拟的《宗教自由法规》。美国（弗吉尼亚）宗教专制在北美殖民地初创时就已不存在。1609年弗吉尼亚的特许状规定，移民上船去美洲前，必需效忠效忠上帝和英国国教教会。
国教仍然是弗吉尼亚月改信的会典宗教，在当时，国教教会和政权合一，对异教徒展开压制和残忍打压。此外，根据法律，一切居民，还包括信仰有所不同宗教的教徒在内，都必需交纳“什一税”，以布施官方教会的牧师。在杰斐逊显然，人的精神权利是最重要的，而宗教自由则是精神权利的一个最重要组成部分。
因此，为了构建弗吉尼亚的宗教自由，他展开了长年而又艰苦的斗争，从1777年到1786年，经过了漫长的十年时间，才使这一法规草案沦为法律，而此时的杰斐逊于是以以美国驻法公使的身份睡在巴黎。《宗教自由法规》的通过，使弗吉尼亚的政府挣脱了教会的介入，人民构建了确实的信仰自由。
杰斐逊把这个法规看作弗吉尼亚的自豪，也看做他个人有一点自豪的一件事情。正如他在《法规》的结束语中所写出的那样：“多少世纪以来，人类的思想活动仍然从归属于国王、教士和贵族，今天，再一看见理性的标准以求奠定，令人感到难过。
我们幸运地制订第一部法律，并敢于宣告人类在构成自己看法的过程中以理性为依据。”因此，虽然从民主思想抵达，他指出每一代人可以制订合适自己情况的法律，但对《宗教自由法规》的改动，他则主张谨慎。
他这样规劝后人：“今后如通过任何法令废止本法令或增大其效力，则是对天赋权利的侵害。”《法规》使弗吉尼亚在全国首度构建了政教分离出来和宗教尊重，也为美国政府立国后正确处理宗教问题奠下了基础。1791年美国宪法第一修正案明文规定：“国会不得制订关于下列事项的法律：创建宗教或禁令宗教自由。
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